Omslagsbild

Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K

Datos suplementarios asociados a la tesis de maestría "Buscando el maní perdido: estudio de la diversidad genética y estado de conservación de Arachis hypogaea en Uruguay": Identificación de anotaciones asociadas al chip "Axiom Arachis 2" (48K). Para identificar las anotaciones asociadas al chip se...

Full beskrivning

Sparad:
Huvudupphov: Naya Rodriguez, Ignacio (author)
Materialtyp: dataset
Språk:engelska
Utgiven: 2024
Ämnen:
SNPs
Recursos Genéticos
Genomio
Ciencias Agrícolas
Otras Ciencias Agrícolas
Länkar:https://hdl.handle.net/20.500.12381/3383
Taggar: Lägg till en tagg
Inga taggar, Lägg till första taggen!
_version_ 1868889997146324992
author Naya Rodriguez, Ignacio
author_browse Naya Rodriguez, Ignacio
author_facet Naya Rodriguez, Ignacio
author_role author
collection REDI
dc.creator.none.fl_str_mv Naya Rodriguez, Ignacio
dc.date.none.fl_str_mv 2024-01-09T17:39:06Z
2024
2026-01-01T03:30:10Z
dc.identifier.none.fl_str_mv https://hdl.handle.net/20.500.12381/3383
POS_NAC_2020_1_164051
FCE_1_2019_1_156158
dc.language.none.fl_str_mv eng
dc.relation.none.fl_str_mv https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000816755.2/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000817695.2/
https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00564
https://hdl.handle.net/20.500.12381/3273
https://hdl.handle.net/20.500.12381/3274
https://hdl.handle.net/20.500.12381/3275
https://hdl.handle.net/20.500.12381/3276
https://hdl.handle.net/20.500.12381/3433
dc.rights.none.fl_str_mv Acceso abierto
info:eu-repo/semantics/openAccess
Reconocimiento-NoComercial-SinObraDerivada 4.0 Internacional. (CC BY-NC-ND)
Con los datos obtenidos se pretende generar una publicación científica.
2026-01-01
dc.source.none.fl_str_mv reponame:REDI
instname:Agencia Nacional de Investigación e Innovación
instacron:Agencia Nacional de Investigación e Innovación
dc.subject.none.fl_str_mv SNPs
Recursos Genéticos
Genomio
Ciencias Agrícolas
Otras Ciencias Agrícolas
dc.title.none.fl_str_mv Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K
dc.type.none.fl_str_mv Conjunto de datos
http://purl.org/coar/resource_type/c_ddb1
info:eu-repo/semantics/dataset
description Datos suplementarios asociados a la tesis de maestría "Buscando el maní perdido: estudio de la diversidad genética y estado de conservación de Arachis hypogaea en Uruguay": Identificación de anotaciones asociadas al chip "Axiom Arachis 2" (48K). Para identificar las anotaciones asociadas al chip se tomaron las secuencias flanqueantes relativas a cada uno de los SNPs (disponibles a partir de Clevenger et al., 2018). A partir de estas secuencias se hizo un blast usando como “target” al genoma de Arachis ipaënsis (GCF_000816755.2_Araip1.1 del National Center for Biotechnology Information (NCBI), para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. ipaënsis, genomio B) y al genoma de A. duranensis (GCF_000817695.2_Aradu1.1 del NCBI, para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. duranensis, genomio A). Luego de realizar un filtrado de acuerdo al largo de secuencia (>68 nucleótidos) y porcentaje de coincidencias (>98%), se obtuvieron las posiciones de cada una de las coincidencias (a las regiones flanqueantes) en los respectivos genomas. A partir de estas posiciones se hizo una búsqueda de las anotaciones en el archivo de anotación de cada genoma.
eu_rights_str_mv openAccess
format dataset
id anni_2e22debd4fa9a313b0d0dc5f6aad573c
identifier_str_mv POS_NAC_2020_1_164051
FCE_1_2019_1_156158
instacron_str Agencia Nacional de Investigación e Innovación
institution Agencia Nacional de Investigación e Innovación
instname_str Agencia Nacional de Investigación e Innovación
language eng
network_acronym_str anni
network_name_str oai-lr-anni
oai_identifier_str oai:redi.anii.org.uy:20.500.12381/3383
publishDate 2024
publishDateSort 2024
reponame_str REDI
repository.mail.fl_str_mv
repository.name.fl_str_mv
repository_id_str
rights_invalid_str_mv Acceso abierto
Reconocimiento-NoComercial-SinObraDerivada 4.0 Internacional. (CC BY-NC-ND)
Con los datos obtenidos se pretende generar una publicación científica.
2026-01-01
spelling Anotaciones Chip Axiom Arachis 48KNaya Rodriguez, IgnacioSNPsRecursos GenéticosGenomioCiencias AgrícolasOtras Ciencias AgrícolasDatos suplementarios asociados a la tesis de maestría "Buscando el maní perdido: estudio de la diversidad genética y estado de conservación de Arachis hypogaea en Uruguay": Identificación de anotaciones asociadas al chip "Axiom Arachis 2" (48K). Para identificar las anotaciones asociadas al chip se tomaron las secuencias flanqueantes relativas a cada uno de los SNPs (disponibles a partir de Clevenger et al., 2018). A partir de estas secuencias se hizo un blast usando como “target” al genoma de Arachis ipaënsis (GCF_000816755.2_Araip1.1 del National Center for Biotechnology Information (NCBI), para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. ipaënsis, genomio B) y al genoma de A. duranensis (GCF_000817695.2_Aradu1.1 del NCBI, para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. duranensis, genomio A). Luego de realizar un filtrado de acuerdo al largo de secuencia (>68 nucleótidos) y porcentaje de coincidencias (>98%), se obtuvieron las posiciones de cada una de las coincidencias (a las regiones flanqueantes) en los respectivos genomas. A partir de estas posiciones se hizo una búsqueda de las anotaciones en el archivo de anotación de cada genoma.Agencia Nacional de Investigación e InnovaciónPrograma de Desarrollo de las Ciencias BásicasComisión Sectorial de Investigación CientíficaUniversity of Georgia (Estados Unidos)2024-01-09T17:39:06Z2026-01-01T03:30:10Z2024Conjunto de datoshttp://purl.org/coar/resource_type/c_ddb1info:eu-repo/semantics/datasethttps://hdl.handle.net/20.500.12381/3383POS_NAC_2020_1_164051FCE_1_2019_1_156158reponame:REDIinstname:Agencia Nacional de Investigación e Innovacióninstacron:Agencia Nacional de Investigación e Innovaciónenghttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000816755.2/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_000817695.2/https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00564https://hdl.handle.net/20.500.12381/3273https://hdl.handle.net/20.500.12381/3274https://hdl.handle.net/20.500.12381/3275https://hdl.handle.net/20.500.12381/3276https://hdl.handle.net/20.500.12381/3433Acceso abiertoinfo:eu-repo/semantics/openAccessReconocimiento-NoComercial-SinObraDerivada 4.0 Internacional. (CC BY-NC-ND)Con los datos obtenidos se pretende generar una publicación científica.2026-01-01oai:redi.anii.org.uy:20.500.12381/33832026-06-17T23:08:58Z
spellingShingle Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K
Naya Rodriguez, Ignacio
SNPs
Recursos Genéticos
Genomio
Ciencias Agrícolas
Otras Ciencias Agrícolas
title Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K
title_full Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K
title_fullStr Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K
title_full_unstemmed Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K
title_short Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K
title_sort Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K
topic SNPs
Recursos Genéticos
Genomio
Ciencias Agrícolas
Otras Ciencias Agrícolas
url https://hdl.handle.net/20.500.12381/3383

Liknande verk